Τα τμήματα της διεύθυνσης Ιατρικής Υπηρεσίας του νοσοκομείου χωρίζονται σε τρεις βασικούς Τομείς:

Α. Στην Παθολογικό τομέα που περιλαμβάνει:

- την ΠΑΘΟΛΟΓΙΚΗ κλινική
- την ΚΑΡΔΙΟΛΟΓΙΚΗ κλινική & μονάδα ΕΜΦΡΑΓΜΑΤΩΝ
- την ΠΑΙΔΙΑΤΡΙΚΗ κλινική & μονάδα ΠΡΟΩΡΩΝ
- την Μονάδα ΤΕΧΝΙΤΟΥ ΝΕΦΡΟΥ
- το ΠΝΕΥΜΟΝΟΛΟΓΙΚΟ ιατρείο

Β. Στο Χειρουργικό τομέα που περιλαμβάνει:

- τη ΧΕΙΡΟΥΡΓΙΚΗ κλινική
- το ΑΝΑΙΣΘΗΣΙΟΛΟΓΙΚΟ / ΧΕΙΡΟΥΡΓΙΚΟ Τμήμα
- την ΟΡΘΟΠΑΙΔΙΚΗ κλινική
- την ΟΦΘΑΛΜΟΛΟΓΙΚΗ κλινική
- την Ω.Ρ.Λ. κλινική
- τη ΜΑΙΕΥΤΙΚΗ / ΓΥΝΑΙΚΟΛΟΓΙΚΗ κλινική
- την ΟΥΡΟΛΟΓΙΚΗ κλινική
- την Μονάδα ΕΝΤΑΤΙΚΗΣ ΘΕΡΑΠΕΙΑΣ
- το ΟΔΟΝΤΙΑΤΡΕΙΟ

Γ. Στον Εργαστηριακό Τομέα που περιλαμβάνει:

- το ΜΙΚΡΟΒΙΟΛΟΓΙΚΟ τμήμα
- το ΒΙΟΧΗΜΙΚΟ τμήμα
- το ΑΚΤΙΝΟΔΙΑΓΝΩΣΤΙΚΟ τμήμα
- το ΑΙΜΑΤΟΛΟΓΙΚΟ τμήμα
- το τμήμα ΑΙΜΟΔΟΣΙΑΣ
- το ΦΑΡΜΑΚΕΥΤΙΚΟ τμήμα
- το ΚΥΤΤΑΡΟΛΟΓΙΚΟ τμήμα

Σημαντικό ρόλο στη οργάνωση και λειτουργία του Νοσοκομείου έχει η Διεύθυνση Διοικητικής Υπηρεσίας στην οποία περιλαμβάνονται:

- το τμήμα ΠΡΟΣΩΠΙΚΟΥ
- το τμήμα ΓΡΑΜΜΑΤΕΙΑΣ
- το ΟΙΚΟΝΟΜΙΚΟ τμήμα
- το τμήμα ΠΛΗΡΟΦΟΡΙΚΗΣ
- το τμήμα ΚΙΝΗΣΗΣ ΑΣΘΕΝΩΝ
- η γραμματεία ΕΞΩΤΕΡΙΚΩΝ ΙΑΤΡΕΙΩΝ
- το τμήμα ΚΟΙΝΩΝΙΚΗΣ ΥΠΗΡΕΣΙΑΣ
- το γραφείο ΙΜΑΤΙΣΜΟΥ
- το γραφείο ΕΠΙΣΤΑΣΙΑΣ